הרב יצחק יוסף לא חתם על המכתב המשפחתי התומך באח הרב דוד יוסף למשרת הראשון לציון

למרות שהם נפגשו הוא אמר למקורביו כי הוא לא תומך באחיו ואף יעשה כל מה שיוכל שהוא לא יבחר. הוא אמר כי הסיבה שנפגש היה לחץ של אריה דרעי שטען כי הוא חייב להראות לפחות לציבור שנפגש עמו אחרת זה יגמר רע, ועתה כאשר המשפחה כולה כתבו מכתב ביקשו ממנו שיחתום אף הוא, ולא הסכים בשום אופן. כולם חתמו פרט לאח יצחק ששונא את אחיו בצורה נוראה זה שנים

הרבה סיבות לסכסוך ביניהם, הוא לא אהב שאחיו מנהל מוסדות מפוארים, ומה שחרה לו תמיד, שאחיו יודע אנגלית נוסע למקסיקו ועוד מקומות ומדבר בפניהם, ואילו הוא לא למד אנגלית וצריך לדבר ולא מבינים מה שהוא אומר צריכים לתרגם

בכל השנים ובמיוחד בשנות חייו של האבא השניים חלקו זה על זה ואף השמיצו זה את זה בצורה קשה

מקורביו של הרב יצחק יוסף אומרים כי הוא ילחם בכל כוחו למנוע מאחיו להתמודד ולזכות בתפקיד הוא סבור כי אם חלילה אחיו יבחר תהיה זו השפלת הרבנות הראשית